Агенцијата за електронски комуникации се грижи за заштитата на личните податоци кои се во нејзина надлежност во согласност со Законот за заштита на личните податоци и регулативата издадена од Агенцијата за заштита на лични податоци. За таа цел АЕК донесува подзаконски акти кои конкретно се имплементираат на заштитата, обезбедување на тајност и чување на безбедноста на личните податоци кои се во надлежност на Агенцијата за електронски комуникации согласно одредбите од Законот за електронски комуникации и сродната регулатива.
Во Политиката за заштита на личните податоци на АЕК се содржани принципите и насоките на остварување на доверливоста, интегритетот и достапноста на личните податоци. Преку воспоставените технички и организациски мерки е обезбедена тајноста , заштитата и безбедноста на личните податоци која се базира на методологијата на воспоставени процеси на проценка на влијанието на заштитата на личните податоци. За остварување на овие обврски АЕК има воспоставено систем на следење на ризиците и има воспоставено соодветни , правила, процедури и упатства со цел зголемување на нивото на сигурност и намалување на заканите по интегритетот , доверливоста и достапноста на личните податоци кои се во нејзина надлежност.
АЕК има назначено Офицер за заштита на лични податоци и заменици офицери за заштита на личните податоци кои ги имаат следните надлежности: